Ο Τομέας Επιχειρησιακού Σχεδιασμού και Λειτουργίας συντονίζει όλες τις αρμόδιες Διευθύνσεις και υπηρεσίες του ΕΟΠΑΕ για τη διοικητική και οικονομική οργάνωση και λειτουργία, τη διαχείριση και εκπαίδευση του ανθρώπινου δυναμικού, τον σχεδιασμό στρατηγικής και ανάπτυξης, την ασφαλή εργασία, την προμήθεια όλων των απαραίτητων υλικών και υπηρεσιών για την εν γένει λειτουργία του, την εφαρμογή του ισχύοντος θεσμικού πλαισίου και τη συλλογή όλων των λειτουργικών στοιχείων για τον ορθό προγραμματισμό και τη διεξαγωγή ασφαλών και ποιοτικών συμπερασμάτων, ώστε να υλοποιούνται οι πολιτικές του Οργανισμού, να παρέχονται οι υπηρεσίες του απρόσκοπτα και να επιτελείται εν γένει ο σκοπός του Ε.Ο.Π.Α.Ε.
- Τομέας Επιχειρησιακού Σχεδιασμού και Λειτουργίας
- Διεύθυνση Διοικητικών Υπηρεσιών
- Υποδιεύθυνση Διοικητικών Υπηρεσιών
- Τμήμα Πρωτοκόλλου (Κεντρική Γραμματεία)
- Τμήμα Πληροφορικής
- Τμήμα Διοικ. Υποστ. Χρηστών Πληροφ. Συστημ. Ηλεκ. Διακυβέρνησης
- Τμήμα Διοικητικής Μέριμνας και Υποστήριξης
- Γραφείο - Αποθήκη
- Τμήμα Τεχνικών Υπηρεσιών
- Υποδιεύθυνση Διοικητικών Υπηρεσιών
- Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών
- Υποδιεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών
- Τμήμα Προϋπολογισμού και Δημοσιονομικών Αναφορών
- Τμήμα Λογιστηρίου
- Τμήμα Ελέγχου και Εκκαθάρισης Δαπανών
- Τμήμα Μισθοδοσίας
- Τμήμα Εφαρμογής Αναπτυξιακών Προγραμμάτων και Προγραμμάτων Δημοσίων Επενδύσεων (ΠΔΕ)
- Υποδιεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών
- Διεύθυνση Προμηθειών
- Υποδιεύθυνση Προμηθειών
- Τμήμα Σχεδιασμού Ελέγχου και Παρακολούθησης Προγράμματος Προμηθειών
- Τμήμα Προμήθειας Μικροδαπανών
- Τμήμα Εκτέλεσης Συμβάσεων
- Υποδιεύθυνση Προμηθειών
- Διεύθυνση Διαχείρισης Ανθρώπινων Πόρων
- Υποδεύθυνση Διαχείρισης Ανθρώπινων Πόρων
- Τμήμα Τήρησης Μητρώου Προσωπικού
- Τμήμα Ελέγχου Απασχόλησης Προσωπικού
- Τμήμα Προσλήψεων
- Τμήμα Εργασιακών Σχέσεων Υγιεινής & Ασφάλειας
- Υποδεύθυνση Διαχείρισης Ανθρώπινων Πόρων
- Διεύθυνση Στρατηγικού Σχεδιασμού και Ανάπτυξης
- Υποδιεύθυνση Σχεδιασμού και Ανάπτυξης
- Τμήμα Επιχειρησιακού Σχεδιασμού και Προγραμματισμού Αναπτυξιακών Έργων
- Τμήμα Διαχείρισης και Διοικητικής Παρακολούθησης Αναπτυξιακών Έργων
- Τμήμα Ελέγχου και Πιστοποίησης Ποιότητας
- Υποδιεύθυνση Προγραμματισμού και Εκπαίδευσης
- Τμήμα Προγραμματισμού και Ανάπτυξης Συνεργασιών
- Τμήμα Εκπαίδευσης και Ανάπτυξης Ανθρώπινου Δυναμικού
- Υποδιεύθυνση Σχεδιασμού και Ανάπτυξης
- Διεύθυνση Έρευνας, Υποστήριξης και Τεκμηρίωσης
- Υποδιεύθυνση Έρευνας Υποστήριξης και Τεκμηρίωσης
- Τμήμα Εκπόνησης Μελετών Ερευνών και Σύνταξης Εκθέσεων
- Τμήμα Συλλογής Δεδομένων Προτυποποίησης και Διαμόρφωσης Μεθοδολογικών Εργαλείων
- Τμήμα Έγκαιρης Προειδοποίησης Κινδύνων και Νέων Ουσιών
- Τμήμα Παρακολούθησης Θεραπείας και Τάσεων Εξαρτήσεων
- Υποδιεύθυνση Έρευνας Υποστήριξης και Τεκμηρίωσης
- Διεύθυνση Νομικής Υποστήριξης και Συμπαράστασης
- Υποδιεύθυνση Νομικής Υποστήριξης και Συμπαράστασης
- Διεύθυνση Εσωτερικού Ελέγχου
- Αυτοτελές Τμήμα Προστασίας Δικαιωμάτων Ληπτών Υπηρεσιών
- Αυτοτελές Τμήμα Δημοσίων Σχέσεων
- Διεύθυνση Διοικητικών Υπηρεσιών